Институтом экономических исследований установлены долгосрочные связи с более чем 80 зарубежными организациями, такими как: Европейская экономическая комиссия Организации Объединенных Наций, Организация экономического сотрудничества, Институт развития менеджмента, Азиатский банк развития, Всемирный банк, Международная ассоциация региональных исследований (Великобритания), Международный союз экономистов и многие другие. Коллектив института тесно сотрудничает с известными международными консалтинговыми компаниями McKinsey & Company, Strategy Partners Group, The Boston Consulting Group и др.

  Институт является почетным Членом Ассоциации Региональных Исследований (UK, Seaford), Международного Союза Экономистов.

   С 2008 года институт выступает эксклюзивным партнером Международного института развития менеджмента (Institute of Management Development) (Швейцария, Лозанна), одного из авторитетных международных рейтингов стран. С 2016 года институт оказывает техническое сопровождение внедрения субнационального рейтинга Doing Business в Казахстане.

   Институт экономических исследований совместно с Высшей школой бизнеса Назарбаев Университета ежегодно обеспечивает участие Казахстана в мировом исследовании бизнес среды, предоставляя экспертное и техническое сопровождение проекта. Казахстан – первая страна центрально-азиатского региона, вошедшая в пул стран-участниц проекта Global Entrepreneurship Monitor (GEM).  GEM – это общая инициатива ведущих бизнес-школ мира, направленная на изучение предпринимательской активности в разрезе отдельных стран мира.

   Институт экономических исследований принимает активное участие в организации Астанинского экономического форума. В 2016 году в Боао (Хайнань) состоялась церемония подписания Меморандума о взаимопонимании между Боаоским азиатским форумом и Астанинским экономическим форумом.  Меморандум закладывает основы сотрудничества между двумя организациями, в частности по вопросам проведения совместных мероприятий в рамках Астанинского экономического форума.

  Начиная с совместного проведения Регионального Азиатского саммита аналитических центров в рамках Астанинского экономического форума 26 мая 2016 года, Институт экономических исследований активно сотрудничает с Программой Мозговых Центров и Гражданского Общества (Think Tanks and Civil Society Program, TTCSP) при Университете Пенсильвания (США). В рамках рейтинга проводится большое количество форумов, конференций, где ведущие мозговые центры делятся опытом в проведении экономических исследований. 30 января 2018 года,  институт провел конференцию на тему «Роль мозговых центров в Казахстане» в рамках ежегодного мирового форума Программы TTCSP Global Why Think Tanks Matter Forum 2018. К организации единовременных мероприятий в рамках форума в этом году присоединилось около 160 организаций в 100 городах мира.

  При проведении исследований институт активно сотрудничает с международными экспертами большой четверки.